大禹学院与水科学研究院、长江保护与绿色发展研究院（以下分别简称水科院、长江院）开展合作交流，就学生协同培养、师资队伍建设、资源共享等合作方向达成共识，确定了以长江院作为试点，再向水科院整体推进的合作模式，主要合作内容包括：一、师生力量相互支撑：大禹学院优秀生源与长江院的优质导师强强联合，充分调动教师教学的积极性。二、促进培养模式改革：通过师生互动、生生互动、学科互动，促进学教共同体的构建,逐步形成书院式培养模式。三、增强实践性培养：长江院将努力为大禹学院策划系统性的课外实践项目，并选择优秀科考成果在长江论坛上进行汇报。四、设立专项奖学金：长江院将积极联系科研合作单位、平台等为大禹学院设立专项奖助学金，鼓励优秀学生夯实理论基础，培养实践与创新能力。五、推进国际交流：长江院的国际专家为大禹学生开展专题讲座，推荐优秀学生到国外高水平大学继续深造。六、加强科技创新：聘请长江院师资指导学生参与创训-挑战杯（互联网+、节能大赛），进一步挖掘学生的创新潜力，争取在三大赛上有所突破。

大禹学院以培养德智体美劳全面发展复合型创新人才为目标，一直努力融合校内外资源，助力拔尖创新人才培养。学院与水科院、长江院的合作，将实现优势互补，有助于拔尖人才创新能力的培养。